Sebelum Himura Kenshin bertemu dengan Kaoru, dia adalah seorang pembunuh bayaran yang dikenal sebagai Hitokiri Battousai. “Rurouni Kenshin: The Beginning” menceritakan tentang seorang Kenshin muda yang menjadi pembunuh nomor satu untuk Ishin Shishi (yang kemudian menjadi ‘era Meiji’) yang bertempur melawan Keshogunan selama hari-hari terakhir era Tokugawa, dan bagaimana dia mendapatkan tanda ‘X’ yang terkenal di pipi kirinya.
Pada masa-masa awal Himura Kenshin sebagai Hitokiri Battousai, suatu hari ia bertemu dengan Yukishiro Tomoe, seorang wanita muda cantik yang terlihat tenang tetapi selalu membawa wajah sedih. Battousai dan Tomoe saling jatuh cinta, namun tak banyak yang ia ketahui, bahwa Tomoe membawa beban besar di dalam hatinya yang akan mengubah hidup Himura Kenshin selamanya.
